Sur les territoires pour lesquels un versement transport est institué, des exonérations existent.

Il en est ainsi pour les fondations et associations reconnues d'utilité publique (RUP), à but non lucratif, qui emploient plus de 9 salariés et dont l'activité est de caractère social.

La Cour de cassation a précisé les critères de l'activité de caractère social : c'est l'activité réellement exercée par l'organisme sur le territoire géographique de l'autorité organisatrice de transport (AOT) qui accorde l'exonération.

Il importe peu que, sur un territoire plus vaste, l'ensemble des activités de la fondation ou de l'association RUP soit à caractère social : dans le ressort de l'AOT, si l'activité dominante n'est pas à caractère social, l'organisme ne peut prétendre à exonération.