Le fait que l’association soit employeur implique la réalisation des travaux de paie correspondant :

• aux opérations relatives au calcul des rémunérations et à celui des charges sociales,
• à l’établissement des documents de paie,
• au règlement des salaires et des charges sociales,
• à l’enregistrement comptable de ces opérations.

Le salaire brut comprend le salaire de base, et éventuellement des majorations pour heures supplémentaires, des primes et des gratifications.

Le salaire net revenant au salarié est égal au salaire brut diminué des retenues à caractère social, personnel et fiscal, notamment le Prélèvement à la Source (PAS).

Les charges patronales sont des charges obligatoires supportées par l’employeur sur les rémunérations brutes, avec application d’un éventuel plafond, par application de taux règlementaires ; elles présentent un caractère social ou fiscal.

Les éléments de paie font intervenir des comptes spécifiques de charges et de tiers.

La classe de comptes « 64 – Charges de personnel » totalise l’ensemble des dépenses à caractère social que paie l’association :

• le sous-compte « 641 – Rémunérations de personnel » qui enregistre les rémunérations brutes du personnel,
• le sous-compte « 645 – Charges de Sécurité Sociale et de prévoyance » qui enregistre les charges sociales patronales,
• le sous-compte « 647 – Autres charges sociales » qui enregistre les versements aux comités d’entreprise et d’établissement, aux œuvres sociales, les dépenses de médecine du travail et de pharmacie...,
• le sous-compte « 648 – Autres charges de personnel ».

La contrepartie de ces charges est une dette envers le salarié pour le salaire net à lui verser et envers les organismes de sécurité sociale et aux organismes sociaux.

Le compte « 421 – Personnel, rémunérations dues » est crédité du montant de ce salaire net, le compte « 43 – Sécurité Sociale et autres organismes sociaux » enregistre les cotisations des salariés et les cotisations patronales, et le compte 4421 – Prélèvement à la Source pour la partie de l’impôt sur le revenu dû par le salarié.

La taxe d'apprentissage

Depuis le 1^er mars 2026¹, les associations, fondations, fonds de dotation, congrégations et syndicats à activités non lucratives sont assujettis à la taxe d'apprentissage dans les conditions de droit commun.

Cette réforme met fin à l'exonération historique du secteur non lucratif.

Taux et modalités déclaratives :

• Part principale : 0,59 % de la masse salariale brute — déclaration mensuelle en DSN à compter de la période de mars 2026, au moyen du CTP 992, exigible les 5 ou 15 avril 2026.
• Fraction solde : 0,09 % — déclarée sur la DSN d'avril 2027, payable en mai 2027 (CTP 995). Ce solde peut être fléché vers des établissements de formation habilités via la plateforme SOLTéa.
• Alsace-Moselle : taux réduit de 0,44 % (déclaration CTP 993 — sans fraction solde).
• Exonération mensuelle possible : si la masse salariale du mois précédent est inférieure ou égale à 6 fois le SMIC mensuel (soit ≤ 10 938 € en 2026) ET que l'employeur occupe au moins 1 apprenti.

Action immédiate : vérifier que le logiciel de paie intègre le CTP 992 pour la part principale et anticiper l'impact budgétaire dès 2026.

Comptabilisation : la taxe d'apprentissage est enregistrée dans le compte 631 — Impôts, taxes et versements assimilés (ou 6311), sous-rubrique de la classe 63, aux côtés de la taxe sur les salaires et de la participation formation continue.

Associations non concernées (hors champ) :

• Associations sans salarié (aucune rémunération versée → aucune assiette).
• CSE (Comité Social et Économique) → régime fiscal distinct (art. 206, 5 CGI).
• GCSMS et GCS → entités fiscalement transparentes (art. 239 quater D CGI).
• Associations intermédiaires agréées et services à la personne agréés relevant de l'art. 206, 5 bis CGI → hors champ, sous réserve d'analyse au cas par cas.
• Personnes morales ayant pour objet EXCLUSIF l'enseignement (art. L. 6241-1, III, 1° CT) → exonération légale expresse ; le mot « exclusif » est décisif.

Cas particuliers secteur médico-social et IAE :

• ACI (Atelier et Chantier d'Insertion) : assujetti depuis mars 2026, mais exonération partielle sur les rémunérations des salariés en CDDI à hauteur du SMIC (art. 20, LFSS 2014).
• ESAT : assujetti depuis mars 2026, mais assiette limitée aux salariés de droit commun (encadrants, administratifs). Les travailleurs handicapés, qui ont le statut d'usagers et non de salariés au sens du Code du travail, sont exclus de l'assiette.
• EI et ETTI : structures lucratives déjà assujetties avant 2026 — la LF 2026 ne change rien pour elles.

Ne pas confondre avec la taxe sur les salaires (art. 231 CGI) : ces deux taxes sont distinctes. Une association non redevable de la taxe d'apprentissage peut néanmoins être assujettie à la taxe sur les salaires.